一般而言，软件保护机制都是基于“信封”原理，软件的所有区段（代码段、数据段、输入表和资源） 被封装在保护器内，保护代码添加在文件尾部。软件运行时，保护代码首先取得控制权，并检查文件的完整性、是否有调试器、注册密匙核试验版本限制等内容，然后解密程序数据，初始化应用程序（处理输入表和重定位表）并将控制权交还给应有程序。不同于其它保护方案，Enigma 应用 API（应用程序接口）与被保护程序紧密的结合在一起，这极大地增强了破解难度。